Jego budowa wiąże się z dwiema ważnymi i znanymi w historii Pragi Północ osobami, Michałem Piotrem Radziwiłłem i jego małżonką Marią Ewą. Budowlę wzniesiono w latach 1907-1923 według projektu Łukasza Wolskiego. Początek prac nad budową nowej świątyni przypadł na okres, w którym wydany przez cara ukaz dopuszczał m.in. tworzenie nowych parafii.
Inicjatorką budowy kościoła pod wezwaniem Najświętszego Serca Jezusowego była Maria Radziwiłłowa, arystokratka i działaczka filantropijna. Otrzymała ona błogosławieństwo papieża Piusa X. Fundatorem świątyni był jej mąż, książę Michał Piotr Radziwiłł.
Monumentalne kolumny granitowe wykorzystane w budowli wykonano dla bazyliki św. Pawła za Murami w Rzymie. Okazały się być za krótkie, dlatego księżna Maria kupiła je z przeznaczeniem dla świątyni przy ulicy Kawęczyńskiej. Długi okres budowy kościoła podyktowany był wybuchem I wojny światowej.
Maria Radziwiłłowa, która była fundatorką szkółek i schronisk dla ubogiej młodzieży, życzyła sobie, aby bazylika Najświętszego Serca Jezusowego służyła również wychowaniu dzieci i młodzieży. Mieli się tego podjąć Salezjanie. Udało się to zrealizować dopiero po śmierci księżnej, która zmarła w skutek potrącenia jej przez rowerzystę. Oratorium, koncentrujące się na pracy wychowawczo-duszpasterskiej z dziećmi i młodzieżą, istnieje przy bazylice od 1931 roku.
Przed świątynią ustawiono pomniki: Jana Bosko, założyciela zgromadzenia salezjanów i salezjanek (1986 rok) i świętych Pawła i Piotra (lata 2009-2010).
Dofinansowanie zadania publicznego ze środków Ministerstwa Rozwoju i Technologii zgodnie z zawartą Umową nr III/16/P/63003/2820/21/DT.
Dofinansowanie zadania publicznego ze środków Ministerstwa Rozwoju i Technologii zgodnie z zawartą Umową nr III/16/P/63003/2820/21/DT.
